В первом случае используется специально разработанный драйвер pps для приема сигнала 1pps (1пульс в секунду) от GPS и программа pps_sinc для синхронизации времени компьютера по 1pps прерываниям принимаемым драйвером pps. Эта система позволяет лишь синхронизировать границу каждой секунды. Поэтому она требует при старте OC Linux начальной установки времени с точностью лучше 0,5 секунды.
Для второго варианта требуется стандартный запуск даемона (службы) сетевой синхронизации времени ntpd с настройкой на синхронизацию от сервера времени нижней научной площадке (ntp.sao.ru).
В первом варианте, при условии нормальной работы GPS, точность в пределах 10 микросекун. Во втором случае, при условии нормальной работы сети, точность сотни микросекунд, обычно в пределах 1 милисекунды.